Dans L’Oeuvre au Noir, nous suivons le personnage de Zénon de sa naissance vers 1510, à sa mort.

Nous sommes dans les Flandres (Région du nord de l’Europe, entre Belgique et pays bas). au XVIe siècle, au début de la Renaissance, période où les découvertes scientifiques remettent en cause le vieux monde, prisonnier de l’obscurantisme religieux et du désir de pouvoir et de richesse.

Zenon a un demi-frère : Henri-Maximilien, fils légitime d’ Alberico de Numi banquier et recherche la richesse et la gloire.

Zenon lui, est le frère « bâtard ». Il jouit néanmoins d’une vie paisible et confortable au sein de la luxueuse maison familiale des Ligre. Les deux garçons cependant, bien qu’élevés dans le même environnement, ont des centres d’intérêt très différents. Zénon, devenu clerc, voue son existence complexe et austère, à la science et aux diverses techniques, à l’alchimie, la théologie, la médecine et à la mécanique. Les deux frères quitteront leur famille. Henri-Maximilien s’enrôle dans les armées royales  d’Espagne et de France. Zénon lui, voyage, devient médecin, alchimiste et philosophe. Lui, ne s’intéresse pas à la richesse matérielle, ce qu’il veut, c‘est se découvrir lui-même. Librement.

C’est ainsi qu’il faut comprendre l’épigraphe de Pic de La Mirandole au 1er chapitre : « Je ne t’ai fait ni céleste ni terrestre, mortel ou immortel, afin que de toi-même, librement, à la façon d’un bon peintre ou d’un sculpteur habile, tu achèves ta propre forme. »

Les 18 premières années du personnage qui sont racontées sous forme d’analepse Zénon, à la recherche de vérité, absorbe toutes les connaissances sur son chemin. Il relativise ses opinions et ses croyances, les séparant des nouvelles connaissances qu’il acquiert, comme l’alchimiste évapore le liquide et calcine le solide pour isoler la matière et mieux la comprendre.

Mais comme le dit si bien Zénon, « je sais que je ne sais pas ce que je ne sais pas, j’envie ceux qui sauront davantage, mais je sais qu’ils auront tout comme moi à mesurer, peser, déduire, à se méfier […]. Je mourrai un peu moins sot que je ne suis né » .

En 1529 les deux frères se retrouvent par hasard, Henri-Maximilien, est blessé. Les deux frères se sont perdus de vue de longues années durant, et avoir été interpellé brusquement dans cette taverne plus que surpris. Persécuté et tout le temps en cavale, Zénon propose, pour plus de sûreté, à son jeune  frère de venir chez lui pour qu’il puisse lui prodiguer ses soins. Cette nuit passée ensemble sera la seule et unique opportunité au cours de laquelle les deux hommes vont pouvoir partager différents points de vue sur leur existence

Le hasard des évènements fera aussi que Zénon se rendra en tant que médecin chez les Fugger dont la fille, Benedicte a été infectée par la peste. Ce sont les Fugger, qui avaient recueilli sa soeur Martha à la mort des parents . Il taira son identité . Son savoir et son intervention adouciront le mal de Bénédicte, la fille de la maison, mais ne suffiront pas à la sauver.

Zénon a approfondi ses études sur l’anatomie, parallèlement à la philosophie, mais se trouve constamment en danger à cause de ses activités et surtout pour avoir écrit d’autres ouvrages jugés inadaptés à son époque. Il risque le bûcher à tout moment pour avoir osé librement exprimer des idées révolutionnaires, hérétiques. Recherché dans divers Etats, il est contraint de mener une vie de perpétuel fuyard.

Las de ses pérégrinations, Zénon décide de rentrer à Bruges. Mais après ses voyages en Pologne et en Suède, sur le chemin de retour, il croise fortuitement le chemin du prieur des cordeliers, qui lui aussi veut retourner à Bruges. Très vite, il va se rendre compte que sous ses dehors austères, Zénon est en fait un homme doté d’un rare savoir et d’une grande intelligence. Une amitié profonde les unit, et Zénon que les circonstances obligent à adopter un autre nom se fait appeler désormais Sébastien Théus. Il va habiter dans l’hospice près du monastère des cordeliers et continuer à prodiguer des soins aux indigents, ainsi qu’à son ami, le vieux prieur, pour le soulager de ses maux. Leurs rencontres sont autant d’occasions de discuter religion et de critiquer les souffrances infligées à ceux soupçonnés d’aller à l’encontre des dogmes de l’Eglise.

Mais les années de quiétude menées par Zénon-Sébastien Théus vont bientôt être éclaboussées par un terrible scandale. La fille d’un riche notable aurait eu des relations charnelles avec quelques moinillons puis tué l’enfant à sa naissance. Les protagonistes sont condamnés mais dans la foulée, un des moines implique Zénon. Les ecclésiastiques saisissent cette occasion pour condamner enfin l’homme qui a selon eux, enfreint plusieurs règles bien établies. Le côté. alchimiste de Zénon va constituer le principal chef d’accusation. Il est condamné à être brûlé vif le 8 février 1569. Le chanoine Bartholomée Campanus lui conseille de se rétracter pour échapper au bûcher mais en libre penseur, il choisit de s’ouvrir les veines dans sa cellule.